方顯楊,中國科學院生物物理研究所研究員,研究組長。本科畢業(yè)于武漢大學化學學院,博士畢業(yè)于中國科學院生物物理研究所。2009-2015年,在美國國立衛(wèi)生研究院(NIH)國立癌癥研究所從事博士后研究,2015-2023年,在清華大學生命學院歷任助理教授/副教授,2023年8月起任中國科學院生物物理研究所研究員(三級)、研究組長、博士生導師。
研究組在國家自然科學基金委、科技部、中國科學院等項目的支持下,聚焦于RNA整合結(jié)構(gòu)生物學的研究,致力于揭示RNA發(fā)揮功能與高效使能的結(jié)構(gòu)與動態(tài)基礎,發(fā)展智慧RNA療法。當前主要研究方向與前期進展包括:
(1)RNA結(jié)構(gòu)與使能研究前沿技術(shù)開發(fā)
課題組結(jié)合化學生物學與合成生物學的進展,基于NaM-TPT3非天然堿基系統(tǒng),近年來開發(fā)了一系列的長鏈RNA位點特異性標記金納米顆粒、熒光探針和自旋探針的技術(shù)(PNAS 2020、Chem. Sci. 2020、Nat. Commun. 2021、ACS Chem. Biol. 2022、 Int. J. Biol. Macromol. 2023和Nat. Commun. 2023b),基于電子順磁共振的RNA長距離測定技術(shù)(Biophys. J 2022),奠定了應用電子順磁共振、X射線散射干涉和熒光共振能量轉(zhuǎn)移研究長鏈RNA的結(jié)構(gòu)與動態(tài)的基礎。課題組目前正在開發(fā)RNA高效區(qū)段標記與化學修飾技術(shù)、環(huán)形RNA合成技術(shù)、長鏈RNA高效轉(zhuǎn)錄與折疊技術(shù)、正在優(yōu)化與升級基于多方法聯(lián)用、干濕結(jié)合的RNA高級結(jié)構(gòu)解析整合技術(shù)。
(2)RNA及其復合物高分辨率結(jié)構(gòu)解析
課題組應用X射線晶體學,解析了細菌來源的THF-II核糖開關的晶體結(jié)構(gòu),結(jié)合小角X射線散射和生化實驗,闡明了THF-II核糖開關識別小分子配體和調(diào)控翻譯起始的分子機制(Nucleic Acids Res 2023); 應用X射線晶體學,解析了熒光RNA適配體RhoBAST的晶體結(jié)構(gòu),結(jié)合小角X射線散射和分子動力學模擬,闡明了RhoBAST結(jié)合和激活自淬滅小分子配體TMR-DN的分子機制(Nat. Commun. 2024)。課題組目前正應用X射線晶體學、核磁共振和冷凍電鏡開展RNA適配體、病毒RNA功能元件及其與小分子化合物、蛋白質(zhì)形成的復合物的高分辨率結(jié)構(gòu)解析與功能機制研究。
(3)長鏈RNA整合結(jié)構(gòu)解析與功能研究
由于RNA的固有柔性,單一結(jié)構(gòu)解析方法用于RNA研究多有局限。課題組初步發(fā)展了基于多方法聯(lián)用,干濕結(jié)合的RNA高級結(jié)構(gòu)解析整合技術(shù)。通過聯(lián)用小角X射線散射,結(jié)構(gòu)預測和計算模擬,解析了枯草芽孢桿菌glyQS T-box核糖開關核心區(qū)域 (183 nts)與tRNA復合物的三維結(jié)構(gòu)(Biochemistry 2017),解析了多種黃病毒亞基因組RNA (sfRNA,400 - 600 nts)的溶液三維結(jié)構(gòu)(EMBO Rep. 2019); 通過聯(lián)用小角X射線散射、氫氘交換質(zhì)譜、結(jié)構(gòu)預測與計算模擬,解析了寨卡病毒xrRNA2元件與宿主神經(jīng)發(fā)育蛋白Musashi-1復合物的溶液結(jié)構(gòu)(Nat. Commun.
(4)RNA構(gòu)象動態(tài)與功能研究
RNA的構(gòu)象動態(tài)變化研究對于揭示其生理和病理機制,開發(fā)靶向RNA的小分子化合物、小干擾RNA和ASO等至關重要。近年來,我們聯(lián)用小角X射線散射、單分子納米孔技術(shù)和分子動力學模擬, 揭示了寨卡病毒xrRNA1機械穩(wěn)定性各向異性的分子機制(Nat. Commun. 2020);聯(lián)用小角X射線散射、smFRET和體外酶切實驗,研究了黃病毒xrRNA的折疊、構(gòu)象動態(tài)與抗酶切活性之間的關系及其對Mg2+的依賴性,以及PK2關鍵三級相互作用對Mg2+依賴性和構(gòu)象動態(tài)的調(diào)控作用機制(Nat. Commun. 2021);聯(lián)用小角X射線散射、smFRET和分子動力學模擬,研究了皮疽諾卡菌和結(jié)核桿菌ileS T-box核糖開關的適配體結(jié)構(gòu)域的折疊與tRNA結(jié)合相互耦聯(lián)的動態(tài)機制(Nat. Commun. 2023b)。課題組目前正在搭建高通量單分子熒光分析平臺,應用單分子熒光技術(shù)開展多種核糖開關、長鏈RNA的構(gòu)象動態(tài)、共轉(zhuǎn)錄折疊與功能關系研究。
(5)智慧RNA療法的應用基礎研究
近年來,基于RNA或靶向RNA的新療法方興未艾。課題組目前正基于對重要靶點RNA的結(jié)構(gòu)與動態(tài)機制的了解,開發(fā)靶向RNA與基于RNA的智慧療法研究。
現(xiàn)因工作需要,擬招聘特別研究助理(博士后)2-4名(特別研究助理待遇按中國科學院相關政策及申請人經(jīng)歷從優(yōu)執(zhí)行);招聘助理研究員/副研究員1-2名(符合條件者可事業(yè)編制聘用、解決北京戶口)。
1、特別研究助理(博士后)已取得或即將取得博士學位,助理研究員/副研究員應具有特別研究助理(博士后)工作經(jīng)歷;
2、有結(jié)構(gòu)生物學(X射線晶體學,冷凍電鏡、核磁共振、電子順磁共振、小角X射線散射)、生物大分子結(jié)構(gòu)預測與計算模擬、單分子生物物理(單分子熒光功能能量轉(zhuǎn)移,smFRET)、化學生物學、合成生物學、藥物化學、RNA生物學、微生物學與病毒學研究背景者優(yōu)先;
3、發(fā)表相關領域英文文章至少1篇;
4、良好的學術(shù)道德和團隊合作精神。
1、與團隊成員密切合作,負責完成和參與相關課題研究;
2、協(xié)助培養(yǎng)和管理課題相關的研究生與研究助理,協(xié)助基金申請、文章撰寫等。
1、根據(jù)研究所及國家相關規(guī)定,提供具有競爭力的薪酬及福利,社會基本保險按國家政策執(zhí)行。具體待遇參考個人研究背景和經(jīng)歷,優(yōu)秀者待遇從優(yōu)。
2、鼓勵并協(xié)助申報合適的人才項目、科研基金。鼓勵并協(xié)助申請國家博士后創(chuàng)新計劃計劃,鼓勵并支持國際合作和參加國際會議。若成功申請任何基金或者博士后計劃,年薪隨之調(diào)漲。
3、優(yōu)秀博士后人才出站后可優(yōu)先留所工作(符合條件者可事業(yè)編制聘用、解決北京戶口)。
請應聘者將個人簡歷(含個人聯(lián)系方式,學習、工作經(jīng)歷,參與課題的介紹,熟練掌握的實驗技能清單,論文發(fā)表)、其他能力證明材料發(fā)送郵件至fangxy(AT)ibp.ac.cn(請將(AT)替換為@,防止垃圾郵件)。本次招聘自本通告發(fā)布之日起,符合崗位要求者均可報名,招聘到適合人選為止。郵件標題請標注:“方顯楊組應聘+高校人才網(wǎng)”。【快捷投遞:點擊下方“立即投遞/投遞簡歷”,即刻進行職位報名】
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